Desde su creación, en 2019, hasta julio de 2024, la Guardia Nacional registra mil 772 quejas en su contra por parte de la Comisión Nacional de Derechos Humanos (CNDH), que incluye hasta muertes por uso indebido de la fuerza.
Según el Sistema Nacional de Alerta de Violación a Derechos Humanos de la propia institución, las principales quejas fueron por detención arbitraria; trato cruel, inhumano o degradante; tortura; privación de la vida y desaparición forzada, en ese orden.
Entre las quejas contra los uniformados hay registros de uso indebido de la fuerza que resultó en la muerte de personas, incluyendo una mujer embarazada que viajaba con su pareja en Jalisco.
La primera queja resuelta fue en julio de 2019, cuando la CNDH emitió medidas cautelares al personal de la GN y la Policía Federal por hostigar, amenazar y presionar al personal de dos albergues migrantes para revisar el estatus migratorio de quienes se alojaban.
En 2021, la CNDH registró una denuncia de la organización civil Pueblos Unidos Migrantes contra elementos de la Guardia Nacional por agredir con arma de fuego a un grupo de migrantes en Chiapas, lo que resultó en la muerte de un cubano y otros cuatro lesionados.
Ese mismo año, la CNDH advirtió un “uso de la fuerza de elementos de la Guardia Nacional de manera ilegítima y desproporcionada contra un vehículo que transportaba a migrantes en Jalapa, Tabasco”, lo que derivó en la muerte de otra persona.
En 2022, en Jalisco, se emitió una recomendación por violaciones graves a los derechos humanos contra la Guardia Nacional: tres elementos provocaron la muerte de una menor embarazada que viajaba con su pareja en la carretera Zapotlanejo-Guadalajara.
Tan solo en 2022, la Guardia Nacional acumuló 568 quejas; una cifra más baja en comparación con la Policía Federal del expresidente Felipe Calderón Hinojosa, que acumuló entre 2007 y 2014 un total de cuatro mil 384, siendo la cifra anual más alta 794 durante 2012.
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Según una encuesta de 2021 realizada por el Instituto Nacional de Estadística y Geografía (Inegi), 44.6 por ciento de mexicanos de 18 años o más consideraba que ocurrían prácticas de corrupción de manera muy frecuente y frecuente en la Guardia Nacional.